La sélection génomique démarre en ovin lait
Une réorganisation du travail de sélection est nécessaire avec la sélection génomique. Premier bilan lors d’une conférence de France Génétique Élevage.
C’est parti pour la sélection génomique en race Lacaune. 1 850 béliers ont été génotypés en janvier et avril 2015, parmi lesquels 1 740 ont eu un index génomique. Les moins bons béliers, d’index négatifs, sont directement réformés, alors que les 280 meilleurs sont sélectionnés pour le centre d’insémination artificielle. Les autres béliers (avec index positifs, mais non conservés pour l’insémination) vont être vendus, pour la monte naturelle aux éleveurs. « Pour l’éleveur traditionnel, la génomique ne va rien changer au quotidien, remarque Luc Estienne, éleveur sélectionneur en race Lacaune et président du service élevage de la Confédération générale de Roquefort. Mais pour le sélectionneur, cette évolution entraîne la disparition du testage. Le thermos d’insémination artificielle, auparavant composé pour moitié d’agneaux en testage et pour moitié de pères à béliers testés, contiendra dorénavant un tiers d’agneaux génomiques, un tiers de pères à béliers et un tiers de pères à filles, confirmés ou génomiques. Cela devrait permettre 15 à 20 % de progrès génétique en plus. »
Pour les entreprises de sélection, c’est aussi un bouleversement puisque le passage à la génomique impose une réorganisation totale du centre d’élevage. En effet, tous les agneaux sélectionnés sur ascendance devront être rentrés en centre d’élevage pour y être génotypés. « Cela génère des surcoûts pour héberger et nourrir ces agneaux en station et pour le typage. Les centres d’élevage vont devoir vendre plus de béliers en monte naturelle et bien les valoriser. Le contrat du sélectionneur va également évoluer en conséquence. »
Un retour sur investissement plus complexe en races pyrénéennes
Si la Lacaune est partie la première, les races laitières pyrénéennes devraient suivre en 2017, avec un équilibre économique plus complexe à trouver. En effet, du fait de la capacité d’accueil limitée du centre ovin, les jeunes béliers devront être laissés chez les éleveurs en attendant le génotypage, avec une forme de contractualisation. Il faudra aussi organiser le retour sur investissement avec la monte naturelle car la part de l’insémination artificielle est moins importante.
Les ovins laitiers s’intéressent à la sélection génomique depuis 2009. Cette technique repose sur la connaissance du génome et de son lien avec le phénotype. Cela suppose d’avoir une population de référence suffisamment grande où l’on connaisse le génotype et phénotype des béliers d’IA pour les caractères d’intérêt afin d’établir précisément le lien entre les deux. On estime ensuite que les différents variants du génotype (identifiés par les marqueurs) auront le même effet sur le phénotype dans la population à sélectionner. Le système permet donc une évaluation précoce, avec une bonne précision de la valeur génétique d’un individu. Différents projets ont permis de 2009 à 2015 de construire les populations de référence des races, mettre en place l’ingénierie et l’indexation et vérifier l’équilibre économique de la méthode. On dispose donc aujourd’hui de 5 000 béliers génotypés en Lacaune et 2 000 en Manech Tête Rousse. La comparaison des éléments d’indexation a permis de vérifier que l’index génomique était toujours plus précis que celui sur ascendance, avec un gain de précision, plus ou moins important selon la race et le caractère.
Une double carrière pour les béliers
Cependant, l’établissement de la population de référence constitue un coût, de même que le génotypage. Ce coût peut être important, rapporté aux gains, plus réduit en ovins où l’intervalle générationnel est déjà faible, les béliers n’étant mis en attente qu’un an. En ovin, où on ne peut travailler que sur de la semence fraîche, la campagne d’insémination artificielle est très saisonnée et concentrée sur trois à quatre semaine. "Cela nécessite une population de béliers importante en centre d’IA qui oblige à ne pas se reposer sur les seuls jeunes béliers, explique Jean-Michel Astruc, de l’Institut de l’élevage. Les béliers ont donc une double carrière : avec un index génomique d’abord puis avec un index sur descendance ensuite."
le saviez-vous ?
La génomique avait jusqu’à présent été utilisée en ovins dans le cadre de la lutte contre la tremblante avec un gène majeur impliqué dans la résistance à la maladie. Un million de génotypages ont été réalisés pour ce gène en 15 ans et on est passé d’une fréquence allélique de l’allèle de résistance faible à assez élevée. En race Lacaune, Ovi-test a développé un typage systématique du gène majeur d’hyper prolificité, indésirable à l’état homozygote. Le génotypage a aussi été utilisé pour l’introgression du gène culard à partir du Texel belge dans les Lacaune.
