« Un caractère compliqué à indexer »

Sélectionner les animaux sur leur capacité à valoriser la ration qu'ils consomment sans compromettre leur santé ni leur fertilité... L'idée germe dans les esprits depuis plusieurs années d'autant que la sélection génomique offre dans le domaine de la création de nouveaux index un outil très puissant. « Il y a de gros enjeux derrière parce que l'alimentation est le plus gros poste de charge d'où son impact économique fort. La profession est donc demandeuse », souligne Didier Boichard, chercheur à l'Inra. Pour autant, chacun s'accorde à reconnaître qu'il va falloir patienter. Créer un nouvel index nécessite en effet de pouvoir s'appuyer sur suffisamment de données pertinentes et fiables. C'est le fameux phénotypage (contrôle de performance...) sur lequel les scientifiques s'appuient pour modéliser des calculs d'index, y compris les génomiques. En amont, cela nécessite de constituer une population de référence (mâles et parfois femelles) de taille suffisante et le plus souvent de développer des collaborations internationales.

Lancement du projet de recherche Deffilait

Sous la houlette des Pays-Bas, l'Europe du Nord a créé un consortium dénommé gDMI ⁽¹⁾ en 2012 dans lequel 10 pays — la France a pour objectif de l'intégrer cette année — partagent leurs données sur la matière sèche ingérée (MSI). « L'enjeu est de développer des équations de prédiction pour l'évaluation génomique de ce critère en race Holstein, précise Stéphanie Minéry du département génétique de l’Institut de l’élevage. Mais connaître la quantité de matière sèche ingérée de la vache ne suffit pas pour connaître son efficience alimentaire. Et ce critère est difficile à mesurer en élevage. C'est pour cette raison que la France, via le programme de recherche Deffilait ⁽²⁾ lancé fin 2015 et coordonné par Philippe Faverdin, chercheur à l'Inra, travaille en parallèle sur des indicateurs comme la production laitière, le poids vif de l'animal, l'évolution de la température corporelle, la digestibilité de la ration... » 
Ces travaux s'appuieront dans un premier temps sur des essais menés dans des fermes expérimentales. Cela permettra d’établir avec précision les liens entre les différents indicateurs et de définir quel est le (ou les) meilleur (s) d’entre eux. Et grâce aux mesures de quantités ingérées par vache par jour et du phénotypage à haut débit des caractères zootechniques tels que la production laitière, les variations de poids vif, la température ruminale, le comportement alimentaire, d’identifier les mécanismes responsables des différences d’efficience alimentaire entre vaches : c’est l’objectif de la thèse d’Amélie Fischer réalisée à l’Institut de l’élevage et l’Inra-UMR Pegase. La sélection sur l’efficience alimentaire pourrait alors se baser directement sur ces mécanismes, sans passer par la mesure des quantités ingérées individuelles.