Chez les bovins, les coronavirus provoquent diarrhées et troubles respiratoires

L’actualité liée au Covid-19 a mis en lumière la place importante que peuvent tenir les coronavirus en tant qu’agents pathogènes. L’origine animale (chauve-souris) du Covid-19, tout comme celle du SRAS il y a quelques années, est fortement suspectée. Chez les animaux, les coronavirus sont responsables de maladies variées : péritonite Infectieuse chez les chats, gastro-entérite transmissible et diarrhée épidémique chez les porcs ou bronchite Infectieuse chez les volailles. Chez les bovins, ils sont responsables de troubles diarrhéiques et respiratoires.

Les coronavirus bovins (BCoV) ont été découverts relativement tard, en 1972, lors d’épisodes de diarrhées néonatales chez des veaux. Une dizaine d’années plus tard, ce coronavirus a été également isolé de prélèvements nasaux et pulmonaires, faisant alors suspecter sa participation dans les troubles respiratoires. Les coronavirus bovins au sens large semblent pouvoir facilement infecter un grand nombre de mammifères domestiques (chèvres, dromadaires, chameaux, lamas par exemple) ou sauvages (cerfs, antilopes, girafes) sans nécessairement provoquer des symptômes.

Les coronavirus font partie des principaux agents pathogènes responsables des diarrhées néonatales, avec les rotavirus, les cryptosporidies et les colibacilles. Une valence contre les coronavirus (BCoV) est d’ailleurs présente dans la plupart des vaccins contre les diarrhées néonatales. La contamination des veaux se fait presque essentiellement par voie orale, à partir des matières fécales des autres veaux malades, mais également par celles des vaches.

Les coronavirus provoquent généralement des lésions intestinales plus sévères que les rotavirus, avec une abrasion à la base des villosités intestinales. Ce qui a pour conséquences des troubles cliniques plus durables et des risques plus élevés de déshydratation, et donc de mort. Les diarrhées à coronavirus s’expriment le plus souvent entre 3 et 21 jours d’âge.

L’utilisation généralisée de vaccins contre les entérites néonatales a permis d’observer une diminution de leur fréquence ces dernières années, au moins en élevage allaitant (comme le montre une étude sur 181 tests postifs au cours des trois dernières années dans la clientèle de Saint-Flour).

Les coronavirus sont aussi responsables de la dysenterie d’hiver, communément appelée grippe intestinale d’hiver. Elle concerne les animaux adultes, et est caractérisée par des symptômes de diarrhée épidémique affectant la plupart des vaches du troupeau en l’espace de dix à quinze jours. La diarrhée est banale mais peut être accompagnée de sang en nature dans de rares cas. Elle peut également provoquer des baisses de production de lait chez les vaches en lactation. On peut noter parfois de la toux associée mais sans atteinte pulmonaire.

C’est une affection bénigne la plupart du temps qui peut exceptionnellement s’accompagner de complications. Elle dure en moyenne deux à trois jours et se résout la plupart du temps toute seule. C’est souvent le préalable à l’atteinte des petits veaux sous la forme classique de diarrhée néonatale. Elle s’exprime le plus souvent dans les semaines qui suivent l’entrée en stabulation hivernale, mais elle peut également s’observer plus tardivement dans la saison.

C’est une affection beaucoup plus souvent rencontrée en élevage laitier qu’en élevage allaitant. Ce qui peut s’expliquer par l’usage très répandu des vaccins contre les diarrhées néonatales (qui intègrent la protection contre le coronavirus) chez les vaches allaitantes.

Le coronavirus est l’un des virus les plus régulièrement mis en évidence lors d’atteintes respiratoires collectives (épisodes grippaux) des veaux. C’est même le virus le plus fréquemment isolé lors d’une étude récente en Belgique (Pardon et coll. 2020), que ce soit en élevage laitier ou en élevage allaitant. Dans cette étude, un des facteurs de risque associés à l’isolement de coronavirus bovin lors de troubles respiratoires était sa présence préalablement établie dans l’élevage, lors de diarrhées néonatales dans l’année qui précédait. Il y a déjà quelques années, une étude menée par l’École nationale vétérinaire de Toulouse sur les causes des affections respiratoires des veaux de moins de trois mois dans les élevages laitiers ou allaitants du grand Sud-Ouest de la France avait montré que le BCoV était le deuxième virus le plus fréquemment isolé, après le virus respiratoire syncytial (VRS). On peut donc considérer ce virus comme un des responsables viraux majeurs des troubles respiratoires chez le veau non sevré. La contamination se fait par voie respiratoire.

Le BCoV est actuellement un des principaux agents initiateurs des affections respiratoires qui se déclenchent dans les jours qui suivent l’allottement. La circulation de ce virus est régulière auprès de cette population et participe, par son action locale sur les voies aériennes supérieures, à l’apparition des signes respiratoires. Ces bronchopneumonies résultent le plus souvent d’une action combinée entre des agents initiateurs viraux (VRS, Pi3 par exemple) et des surinfections bactériennes (pasteurelles, mycoplasmes). Elles sont traitées avec des antibiotiques pour éviter les surinfections.