La Cour des comptes européenne (CCE) a épinglé le système communautaire d'identification et d'enregistrement des bovins (SIEB), qui, selon elle, « a montré des faiblesses importantes ». Il prévoit notamment la mise en œuvre d'une base de données informatisée recensant les exploitations, les bovins et tous leurs mouvements. Non seulement cette dernière a été mise en œuvre plus de deux ans après la date fixée (fin 1999), mais elle présente, en plus, d'inquiétantes lacunes, affirme la Cour des comptes.
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La CCE a effectué des audits en 2002 dans quatre États membres, dont la France. C'est ainsi que, selon la Cour, « le SIEB ne garantit pas la traçabilité des bovins faisant l'objet de mouvements intra ou extra-communautaires, alors que ces mouvements concernent environ 3 millions de têtes par an, soit 4 % du cheptel ». La Commission fait valoir que, lors de la conception du SIEB, les États membres avaient rejeté l'idée d'une harmonisation complète du contenu des bases de données nationales.
