La génomique débarque en Charolais !
Le 3 octobre dernier au Sommet de l’élevage, Gènes Diffusion et ses coopératives adhérentes dévoilaient le premier kit de génotypage pour bovins charolais. L’évaluation génomique des animaux charolais est désormais opérationnelle et elle est ouverte à tous les éleveurs.
Cette innovation est l’aboutissement de dix années de recherches menées par l’entreprise de sélection collective. En 2009, Gènes Diffusion dont le siège est à Douai (59) s’est dotée de sa propre plateforme génomique dénommée « GD Scan ». Située sur le site de l’Institut Pasteur de Lille, cette plateforme de recherches appliquées « développe des outils de biotechnologies destinées au monde de l’élevage. Laboratoire agréé de génotypage multi espèces, elle alimente désormais le système français d’indexation génomique en routine, tout en conduisant des projets spécifiques ».
Un programme pour la race charolaise a été initié dès 2009. De par sa population d’animaux au sein du berceau, la coopérative Elvanovia en est l’un des principaux contributeurs. Une vaste campagne de collecte de phénotypes a été entreprise sur la zone entre 2010 et 2011. 15 caractères ont été relevés sur un panel de 8 500 vaches appartenant à 413 élevages. Une population de référence couvrant un maximum de familles génétiques et représentatives des pères les plus utilisés. Les quinze caractères portaient sur les mamelles, les trayons, les membres et le comportement des vaches. Autant d’aspects qui n’étaient pas spécialement « sélectionnés » jusqu’alors. Les données collectées (phénotypes observés + génotypes des individus) ont fait l’objet d’un gros travail d’analyses statistiques au sein du laboratoire GD Scan. Après avoir établi la relation entre phénotypes et génotypes, une équation de prédiction a pu être élaborée. Cette dernière permet, à partir du génotypage d’un candidat (prélèvement d’ADN), de prévoir directement son phénotype (qualités de mamelles, comportement) sans devoir attendre l’évaluation sur descendance et ce dès sa naissance.
Mise au point d’une indexation génomique
Pour chacun des quinze caractères évalués génomiquement, l’animal reçoit une note comprise entre 1 et 10. Pour plus de commodité, les quinze caractères ont été combinés au sein de six index ou « prédicteurs génomiques de synthèse », détaille Amélie Vallée, ingénieure génétique à Gènes Diffusion. Ces six prédicteurs morphologie/comportement ont été complétés par quatre autres prédicteurs de production. Ces derniers ont été établis à partir de 30 000 données brutes de performances également collectées sur le terrain (poids naissance, conditions de naissance, poids âge type 210 jours).
C’est une véritable indexation génomique qui vient ainsi d’être mise au point par « GD Scan Charolais ». Elle permet une évaluation génomique des candidats sur dix critères : 4 de production (naissance, croissance, vêlage, lait), 4 de morphologie (longévité mamelle, fonctionnement trayons, solidité aplombs arrières, locomotion) et 2 de comportement (comportement, instinct maternel).
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La suite est à lire dans la Creuse agricole et rurale du 24 octobre 2014.
