La filière laitière, prédominante en région Franche-Comté, a peu à envier aux autres grands bassins laitiers français (Bretagne, Pays de la Loire, Normandie). Pour les producteurs francs-comtois, la grève n’est pas à l’ordre du jour. Un producteur de lait sur 2 relève d’une AOC, ce qui lui permet d’avoir un niveau de revenu souvent supérieur aux autres régions. Actuellement, les 1 000 litres de lait sont valorisés entre 315 et 320 euros, mais cachent des charges supérieures à la moyenne française, du fait de l’altitude des exploitations. Il existe cinq AOC fromagères dans la région : le Comté (première AOC française), le Mont d’Or ou Vacherin, le Morbier, Bleu du Haut-Jura ou Bleu de Gex et plus récemment le Gruyère (AOC en mars 2007). Autre valorisation possible pour les producteurs : le lactosérum. Si Eurosérum, leader mondial du marché, est installé dans la région, le lactosérum entre aussi dans l’alimentation des porcs destinés à la filière de la saucisse de Morteau, le cahier des charges de l’IGP (dont le dossier est toujours en cours) exigeant 30 % de lactosérum dans l’alimentation.
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