Réussir Aviculture 30 mai 2006 à 15h15 | Par Pascal Le Douarin

Laboratoire national de référence - L´Afssa de Ploufragan en pointe pour le dépistage du H5N1

Le site Afssa (Agence française de sécurité sanitaire des aliments) de Ploufragan (22), et en particulier une de ses unités de virologie et d´immunologie, est depuis octobre 2005 au centre du dispositif qui traque le virus influenza H5N1 asiatique sur le territoire français.

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Pour cause de grippe aviaire, Ploufragan, une commune touchant Saint-Brieuc (Côtes-d´Armor), est involontairement à l´affiche des médias depuis quelques mois. Elle abrite en effet le « laboratoire d´études et de recherches porcines et avicoles » (Lérap), plus connu des professionnels sous le sigle « Afssa-Ploufragan ».
Mais que fait l´Afssa-Ploufragan ? Comme les neuf autres établissements rattachés à l´Agence française de sécurité sanitaire des aliments, le site costarmoricain a trois missions générales : un, de faire de la recherche appliquée (ici sur les maladies des animaux d´élevage : volailles, lapins et porcs, et l´hygiène des produits qui en sont issus), deux, d´apporter les réponses de ses experts aux questions des autorités de tutelle (ministères de la Santé et de l´Agriculture), et trois de faire de l´appui technique auprès des pouvoirs publics et des professionnels. Le Lérap emploie près de 200 personnes, administratifs, techniciens et scientifiques (thésards, ingénieurs, chercheurs.).

Comme l´exige la réglementation européenne, chaque État membre a désigné un laboratoire chargé des actions de diagnostic officiel sur les virus influenza. Et c´est l´unité de Ploufragan qui est impliquée dans le dispositif français de lutte et de prévention contre la grippe aviaire au travers de l´unité de Virologie, immunologie et parasitologie avicole et cunicole, dite Vipac., le laboratoire national de référence (LNR) pour l´influenza aviaire.
Pour chaque échantillon biologique qui lui est envoyé, le LNR a une obligation de résultat. Le LNR peut être sollicité n´importe quand pour intervenir dès les premières phases du diagnostic d´une suspicion grave ou pour toute situation délicate. Dans tous les cas, le LNR détermine le sous-type viral en cause (H6N2, H5N1, H7N7.) et son degré de virulence (faiblement ou hautement pathogène). Il examine la parenté avec d´autres virus et le cultive pour l´étudier plus à fond ensuite.

Un laboratoire national de référence par État membre
Chaque LNR doit appliquer des méthodes standardisées et reconnues internationalement. Il rend aussi des comptes au laboratoire européen référent, en l´occurrence celui de Weybridge au Royaume-Uni. Pour Véronique Jestin, responsable du Vipac et du LNR influenza, avoir le statut de LNR est un avantage et un inconvénient. « C´est une contrainte parce que nous devons faire passer cette activité officielle, le plus souvent dans l´urgence, avant nos travaux de recherche, programmés de longue date. »
La venue du virus asiatique a tout chamboulé, au point de stopper tous les autres travaux pendant quatre semaines lors du pic, et même d´interrompre une expérience en cours sur la vaccination de canards. Depuis février dernier, pour faire face à l´alerte sanitaire, les vingt-et-un virologistes de l´unité ont été mobilisés et répartis en trois équipes pour travailler si nécessaire sept jours sur sept (et élargir considérablement les plages horaires, de nuit si besoin). « Mais c´est aussi un grand avantage. Nous sommes très fortement connectés avec le terrain, ce qui nous aide grandement dans le choix des thèmes et pour l´avancée de nos travaux. » Etre laboratoire de référence repose sur une légitimité scientifique certaine. Le Vipac possède un solide socle de connaissances scientifiques, des compétences en matière de diagnostic et des moyens humains et matériels.
Analyse de culture virale au laboratoire national de référence ©LNR à l´Afssa-Ploufragan. ©Cheik Saidou/Photothèque ministère Agriculture Fr.

Le quotidien du LNR est de répondre dans l´urgence
« D´ordinaire, explique encore Véronique Jestin, une douzaine de personnes, dont sept scientifiques ingénieurs et doctorants, sont concernées par des travaux sur les virus influenza. »
C´est la seule équipe en France dévolue à la problématique influenza aviaire (1) sous cette triple approche de recherche, d´appui technique et d´expertise.
Les méthodes d´analyses sont nombreuses et très spécifiques. Ploufragan a contribué à mettre beaucoup d´entre elles au point ou à les standardiser : tri (ou « criblage ») des échantillons biologiques pour déterminer la présence d´un virus influenza (méthode RT-PCR sur la protéine M), amplification du matériel génétique (par RT-PCR), détermination des types d´hémagglutinines H et de neuraminidases N (par séquençage des gènes), cultures virales sur (ovoculture). Afin de cultiver le virus H5N1 asiatique sans risque pour le personnel et l´environnement, il a fallu aménager rapidement plusieurs animaleries en un laboratoire de haute protection (niveau P3 : espace étanche, air filtré à l´entrée et à la sortie, salle sous dépression d´air, douche.). L´extension du laboratoire prévue à cet effet n´était pas prête.

Démultiplier les analyses virologiques
Avant la crise de la grippe aviaire, le laboratoire départemental d´analyses des Côtes-d´Armor, tout proche du LNR, réalisait déjà des cultures virales sur oeuf embryonnés en cas de suspicions cliniques sur des volailles de rente. De plus, dans le cadre des enquêtes de surveillance de l´influenza aviaire chez les volailles, six laboratoires départementaux (Ain, Côtes-d´Armor, Côte-d´Or, Indre-et-Loire, Landes, Loire-Atlantique) détectaient les élevages à partir de réactifs d´analyses fournis par le LNR. Les sérums des résultats positifs étaient adressés au LNR pour confirmation. Il s´agissait déjà de soulager le travail du LNR, mais toujours sous son contrôle. Néanmoins, jusqu´à une période très récente, l´ensemble des techniques de pointe, opérationnelles depuis plusieurs années, restaient cantonnées au LNR. D´une part parce qu´il fallait standardiser ces méthodes et les rendre accessibles à des laboratoires d´analyses du terrain. D´autre part parce que la réglementation ne le permettait pas encore. Le feu vert a été donné fin 2005 avec une nouvelle directive Influenza incluant un nouveau guide des analyses.
Comme la France avait contribué à mettre au point ces nouveaux dispositifs, elle a très rapidement pu les diffuser auprès de six laboratoires Après une phase de formation et d´évaluation, ces labos sont habilités pour la détection des virus influenza par biologie moléculaire (recherche de la protéine M. commune et spécifique à tous les virus influenza).
De plus, trois d´entre eux (01, 22, 40) sont aussi agréés (ou en voie de l´être) pour l´ovoculture des virus faiblement pathogènes. C´est le dispositif « 6-3-1 », unique en Europe. Les échantillons du terrain vont plus ou moins remonter loin dans la chaîne d´analyse (voir schéma). Et surtout plus vite. Désormais, une suspicion est confirmée en moins de quarante-huit heures. En septembre 2005, avec les anciennes règles il fallait une bonne semaine pour obtenir tous les résultats. Pour l´instant ce nouveau dispositif ne concerne que les analyses de l´avifaune sauvage morte et la surveillance du plan de vaccination des canards. La délocalisation de la détection du sous-type H5 (par RT-PCR H5) est faite et devrait être officialisée dans les prochains jours. Le dispositif va aussi pouvoir être élargi aux suspicions cliniques.
La délocalisation des analyses du LNR a commencé par la surveillance sérologique ©ici faite au LNR des virus H5/H7. ©Cheik Saidou/Photothèque du ministère de l´Agriculture Fr.

Vivre durablement avec les virus influenza
Véronique Jestin est persuadée que son unité sera régulièrement sollicitée pour les diagnostics, ne serait-ce que le suivi renforcé des H5 et
H7 faiblement pathogènes, ainsi que du H5N1 désormais présent dans la faune sauvage. De plus les demandes d´expertises sur la problématique influenza vont s´accroître : sur le confinement, sur les vaccins des diverses volailles, sur les méthodes de vaccination, sur les mesures de surveillance. Pour remplir cette mission au long cours, le Vipac a enfin pu obtenir des moyens supplémentaires qui commençaient à lui manquer. Si un départ en retraite a mis presque deux ans à être remplacé, depuis quelques mois l´argent public arrive plus facilement.

Pour 2006, 1,3 million supplémentaire a été annoncé. De nouveaux appareils d´analyses sont déjà opérationnels. Cinq postes (deux techniciens et trois ingénieurs) ont été budgétés pour un an. « Un an, c´est vite passé, surtout quand il faut former les gens », remarque Véronique Jestin, qui espère un prolongement et surtout la consolidation d´autres postes. Enfin un laboratoire de niveau P3 de 100 m2 va être construit pour la fin de cette année.

(1) ainsi qu´au virus Newcastle, aux signes cliniques très proches.

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