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Les index génomiques gagnent en précision

Une nouvelle méthodologie de calcul pour les races laitières a été adoptée en avril avec à la clé des index plus fiables mais aussi des variations, parfois fortes, chez les jeunes taureaux.

« L’utilisation d’un nouveau modèle d’indexation combiné à l’augmentation des populations de référence en races Holstein, Normande, Montbéliarde et Brune ainsi que la prise en compte des performances individuelles des femelles permettront d’avoir des index plus fiables et plus précis », ont annoncé dans un communiqué commun Allice, l’Inra et l’Institut de l’élevage. La nouveauté concerne notamment le choix de combiner la méthode française avec « celle majoritairement en cours dans les autres pays utilisant la sélection génomique (Allemagne, Pays-Bas, Canada, USA…) ». Par ailleurs, la taille de la population de référence, c'est-à-dire l’ensemble des animaux à la fois génotypés et avec performances qui servent de base aux calculs des index génomiques, « s’accroît fortement dans toutes les races ». Elle inclut en effet maintenant en Normande et Montbéliarde « toutes les femelles génotypées et disposant de performances ». Les races Holstein et Brune bénéficient « d’un apport massif et continu de taureaux étrangers (consortium EuroGenomics et programme Intergenomics respectivement) ».

Un gain moyen de fiabilité compris entre 8 et 11 points

Au final, le gain moyen de CD (fiabilité de l'index) est de 8 points à 11 points selon la race. Ils restent toutefois inférieurs à ceux des taureaux confirmés sur descendance : CD de 71 contre 94 pour l’index lait des taureaux Holstein nés depuis 2006 et ayant plus de 100 filles. Ce gain de précision s’accompagne d’une variation parfois forte des index de certains jeunes taureaux sans filles (générations des « G », « H » et « I ») sur lesquelles nous reviendrons le mois prochain. « Elle serait survenue à l’arrivée de leurs filles », précise Stéphane Barbier, d’Allice.

Des reclassements mêmes entre pleins-frères

Notez d’ores et déjà que des écarts de classement amplifiés sont constatés entre pleins-frères ou pleines-sœurs, en raison d’une baisse du poids du pedigree dans leurs index. En effet, dans l’ancien modèle, « deux pleins-frères (sans performance) avaient une composante commune liée à leur ascendance (index polygéniques des parents) qui pesait pour environ 50 % dans leurs index », explique Stéphane Barbier. « Maintenant, la méthode prend en compte uniquement les marqueurs génétiques. Et les reclassements entre pleins-frères sont liés au fait qu’ils n’ont pas reçu les mêmes gènes de leurs parents. » Les femelles sont aussi concernées par la refonte de la méthodologie. Les résultats d’indexation des femelles évolueront désormais tout au long de leur carrière avec la prise en compte de leurs performances.

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