Réussir lait 12 janvier 2018 à 08h00 | Par Franck Mechekour

La génomique au service de la santé animale

Santé du pied, acétonémie… depuis son avènement en 2009, la génomique a permis d’évaluer de nouveaux caractères autour de la santé et offre beaucoup d’autres perspectives.

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La valorisation des carnets sanitaires offre un gros potentiel, mais il y a beaucoup de tri à faire dans les informations.
La valorisation des carnets sanitaires offre un gros potentiel, mais il y a beaucoup de tri à faire dans les informations. - © Stéphane Leitenberger

L’analyse du génome permet aujourd’hui d’évaluer une quarantaine de caractères (production, morphologie, index fonctionnels…). Les possibilités offertes par cette technologie, en particulier à la sélection sur des critères de santé, sont un de ses grands atouts. D’autant que la fiabilité des index « fonctionnels » est correcte chez les mâles comme les femelles.

Le groupe Evolution va publier deux nouveaux index dédiés à la santé du pied dans un premier temps pour les races Prim’Holstein et Pie Rouge lors de l’indexation de décembre 2017. Ces index ont vu le jour dans le cadre du programme Génosanté (1). Ils vont compléter les index acétonémie et un index de synthèse santé proposés depuis août 2016 pour les races Prim’Holstein, Normande et Pie-Rouge. Dans l’index de synthèse santé, l’acétonémie, la reproduction et la santé de la mamelle pèsent chacun 30 % et la longévité 10 %.

Deux nouveaux index santé du pied chez Evolution

De son côté, Gènes Diffusion publie deux prédicteurs de la santé du pied depuis 2014. Le groupe, en partenariat avec l’université néerlandaise de Wageningen, avait sorti un prédicteur de synthèse dénommé « résistance aux lésions ». Ce dernier intègre les résistances à l’ulcère de la sole (50 %), à la dermatite (25 %), à la bleime (20 %) et à la limace (5 %). Il est intégré à hauteur de 12,5 % dans l’index de synthèse GD Merit publié par Gènes Diffusion. Le prédicteur « robustesse du pied », caractérise les animaux en fonction de leur besoin de parage. « Nous avons enregistré de nouvelles données autour de la santé du pied. Elles serviront soit à améliorer la précision des prédicteurs actuels et éventuellement à en calculer d’autres », précise Amélie Vallée de Gènes Diffusion. Le groupe travaille également sur d’autres caractères sans donner plus de précisions.

Ces deux exemples illustrent une tendance de fond à savoir la « privatisation » d’un certain nombre d’index. Reste à espérer que les prédicteurs de santé du pied proposés par Gènes Diffusion et Evolution seront corrélés positivement. On imagine mal qu’un même taureau puisse avoir une valeur d’index très différente selon la source de l’évaluation génétique du caractère.

Les aplombs seront également à l’honneur en race Normande en 2018 avec la publication d’un nouvel index aplombs et de nouveaux index élémentaires autour des aplombs (qualité de l’articulation, parallélisme, angle du pied et locomotion).

Gros enjeu autour du phénotypage

Reste qu’à l’instar du testage sur descendance, la sélection génomique s’appuie sur une collecte de données fiables et suffisantes dans les élevages. « Le facteur limitant pour indexer de nouveaux caractères ce n’est pas le génotypage mais le phénotypage. C’est devenu un enjeu majeur, confirme la généticienne. La valorisation des carnets sanitaires offre un gros potentiel, mais il y a beaucoup de tri à faire dans les informations. » Les données récupérées dans les élevages par les robots de traite, les outils de monitoring… sont également une source importante de phénotypages mais encore sous exploitée. « Ces données ne sont pas simples à valoriser. Le paramétrage des outils diffère selon les marques de robots et il faut pouvoir accéder aux données », souligne Roxane Vallée.

(1) Rassemble dix partenaires : Evolution, Elitest, Auriva, BCEL-Ouest, Seenergi, Eylips, l’Inra, Allice, l’Institut de l’élevage et Agrial.

D’autres pistes à explorer

« La résistance à la paratuberculose, la mortalité des jeunes, le parasitisme… sont autant de pistes restant à explorer, indique Roxane Vallée du département génétique de l’Institut de l’élevage. Il existe un projet (Piscar) qui étudie la résistance à la paratuberculose, notamment chez les bovins. Le projet prévoit de rechercher les mutations candidates pour ce caractère dans les deux races Normande et Prim’Holstein. Il se termine à la fin de l’année. Il n’est pas prévu de réaliser une indexation dans le projet, mais si les personnes impliquées arrivent à mettre en évidence une forte composante génétique, ce sera peut-être envisagé par la suite."

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