Réussir bovins viande 20 décembre 2016 à 08h00 | Par Bernard Griffoul

Trois races basculent dans l’indexation génomique

Charolaise, Limousine et Blonde d’Aquitaine sont en piste pour l’indexation génomique officielle avec des approches assez différentes en terme d’animaux éligibles et de services.

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Le génotypage des génisses de qualité intermédiaire est un outil supplémentaire pour sécuriser le choix des femelles de renouvellement.
Le génotypage des génisses de qualité intermédiaire est un outil supplémentaire pour sécuriser le choix des femelles de renouvellement. - © Bernard Griffoul

« À partir de janvier, la publication des index génomiques entrera en phase de routine », ont annoncé les ingénieurs de l’Institut de l’élevage, lors du dernier Sommet de l’élevage. Après un an de rodage, les trois principales races vont disposer d’index génomiques officiels (Iboval), publiés dans le système d’information génétique des bovins (SIG) et dans différents valorisés (BGTA...). Ces index (GEBV), issus du programme de recherche Gembal, combinent les index Iboval classiques et la valeur génomique directe de l’animal (DGV) obtenue par génotypage et comparaison à une population de référence. Cette indexation génomique porte pour l’instant sur 13 caractères, à savoir l’ensemble des composants des index de synthèse jusqu’au sevrage (ISEVR, IVMAT) et des index relatifs à la production de jeunes bovins en ferme (voir ci-contre).

Comme les index Iboval classiques auxquels ils peuvent être comparés, ils sont accompagnés d’un CD (compris entre 0 et 1) qui indique leur niveau de précision. Concernant les mâles, pour chaque index, une précision minimale est requise pour qu’il puisse être publié. La prise en compte du CD est très importante car, plus il est bas, plus le risque de se tromper sur la vraie valeur génétique de l’animal est grand. Pour les valeurs maternelles, les CD sont encore faibles. Le degré de précision va augmenter au fur et à mesure que les populations de référence s’étofferont.

« Travailler autant sur la voie femelle que sur la voie mâle »

Néanmoins, l’information génomique donnera à l’éleveur des moyens supplémentaires pour choisir taureaux et génisses de renouvellement. La précision sera meilleure qu’avec les informations polygéniques (performances, généalogies) dont il disposait auparavant  et il pourra prendre en compte des caractères dont la valeur n’étaient connue que très tardivement dans la vie de l’animal (AVel, ALait). « Désormais, nous avons les mêmes CD en femelles et en mâles, explique Marc Gambarotto, directeur de France Limousin Sélection. Nous allons pouvoir travailler autant sur la voie femelle que sur la voie mâle. »

Aura-t-on intérêt à génotyper tous les animaux ? « Pas nécessairement, estime Philippe Boulesteix, de l’Institut de l’élevage. Pour le quart supérieur des meilleures femelles, une information supplémentaire n’est pas indispensable. Pour les plus mauvaises non plus. Mais pour les 50 % de génisses difficiles à trier, l’indexation génomique sécuriser les choix. Pour les mâles, compte tenu du nombre de produits qu’ils engendrent, il vaut mieux prendre le maximum de garanties. Des éleveurs qui vendent des reproducteurs en font déjà un argument commercial. »

Populations cibles et différés raciaux

L’indexation génomique officielle est effectuée par les organismes habituels et mise en œuvre par l’intermédiaire de sociétés d’exploitation, qui commercialisent le service. En race Charolaise, trois entreprises se partagent le marché : Herd Book Charolais, Charolais Univers, Gènes Diffusion. Nous avons présenté leur offre dans le numéro de juillet-août dernier. En races Limousine et Blonde d’Aquitaine, une seule société propose le service. Leurs offres respectives sont développées ci-contre.

Dans chaque race, l’organisme de sélection a défini les animaux qui peuvent prétendre à cette indexation génomique (populations cibles) et, pour les mâles, des âges à partir desquels la publication des index est autorisée (différé racial). Les approches sont différentes selon les races. « Pour la Limousine et la Blonde, il y a une volonté de conforter d’abord l’approvisionnement des outils de sélection pour y concentrer les animaux les plus prometteurs, puis, dans un deuxième temps permettre, à tous les éleveurs de bénéficier de la technique », explique Philippe Boulesteix. En race Charolaise, à l’inverse, en ce qui concerne les mâles, il n’y a pas de contrainte d’âge mais pas d’accès possible hors adhésion au Herd Book. L’indexation génomique est moins orientée sur les programmes de sélection. Plusieurs initiatives ont pu ainsi se développer.

Augmenter les populations de référence

« La phase actuelle est cruciale, poursuit Philippe Boulesteix. Soit les organismes concernés et les éleveurs estimeront que c’est une méthode d’avenir et s’investiront fortement. On entrera alors dans un cercle vertueux qui permettra d’augmenter les populations de références et par conséquent la fiabilité des index et l’efficacité de la méthode. Soit, à l’inverse, l’indexation génomique ne sera utilisée que par un cercle restreint et son intérêt restera assez limité. » Les chercheurs continuent à améliorer la méthode pour augmenter la précision des index et prévoient de l’ouvrir, d’ici deux à trois ans, aux autres races en train d’étoffer leurs populations de référence. À terme, l’indexation génomique intègrera d’autres caractères, actuellement évalués de manière classique, et de nouveaux caractères (efficacité alimentaire, aspects sanitaires...).

Les 13 caractères de l’indexation génomique Iboval

Production de viande jusqu’au sevrage

IFNAIS : Facilité de naissance

CRsev : Potentiel de croissance au sevrage

DMsev : Développement musculaire au sevrage

DSsev : Développement squelettique au sevrage

FOSsev : Finesse d’os au sevrage

ISEVR : Index de synthèse production de viande au sevrage

Qualités maternelles

AVel : Aptitude au vêlage

ALait : Aptitude à l’allaitement

MERPsev : Incidence de la mère sur le poids au sevrage

IVMAT : Index de synthèse valeur maternelle

Production de jeunes bovins

ICRCjbf : Croissance carcasse

CONFjbf : Conformation carcasse

IABjbf : Index de synthèse aptitudes bouchères

Pour les mâles les CD minimaux à atteindre sont de 0,5 pour les index de synthèse (IFNAIS, ISEVR) et IABjbf et de 0,3 pour tous les autres. Mais, hors aspects naissance-vêlage, aucun des index n’est publiable tant que l’ISEVR n’atteint pas le seuil minimal de CD de 0,50

La Limousine fournit les scores génomiques et les index Iboval

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