Réussir bovins viande 10 mai 2018 à 08h00 | Par C.Delisle

Bien utiliser la génomique sur génisses

Les tests génomiques en troupeaux allaitants représentent une opportunité pour gérer le renouvellement et les accouplements. Mais à quel coût ?

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Un test génomique peut se faire sur prélèvement de sang, de cartilage ou de poils. Après réception par le laboratoire, il faut compter entre un et deux mois pour obtenir une évaluation.
Un test génomique peut se faire sur prélèvement de sang, de cartilage ou de poils. Après réception par le laboratoire, il faut compter entre un et deux mois pour obtenir une évaluation. - © S.Bourgeois

Afin d'identifier les intérêts techniques et économiques de l'utilisation des tests génomiques dans les élevages allaitants sur la voie femelle, un programme multi-partenarial (1) a été initié en 2015 pour une durée de trois ans. Ce travail s'est déroule en plusieurs phases.


« Dans un premier temps, une enquête terrain a permis d'appréhender la perception de la sélection génomique et d'évaluer son potentiel d'utilisation chez les éleveurs. Les interviews de 141 exploitants ont révélé que cette nouvelle technologie trouvait un écho plus favorable auprès des éleveurs utilisant l'insémination, des adhérents aBovins croissance ou des acteurs de leurs races. La majorite des personnes interrogées se sont montrées intéressées par les bénéfices que peut apporter la génomique mais restent demandeuses d'informations à la fois sur les principes de la sélection génomique, sa fiabilite et sa rentabilite », a rapporte Olivier Leudet, de l'Institut de l'élevage, lors d'une journée technique viande bovine des Pays de la Loire en février 2018.

Huit élevages volontaires en races Blonde d'Aquitaine, Charolaise et Limousine ont éte sélectionnés afin d'effectuer, dans un second temps, une expérimentation en élevages. Cette dernière a consisté a génotyper 157 génisses nées al'automne 2015, avant sevrage. L'échantillon n'étant pas suffisamment important, seule une analyse globale a été réalisée. Il n'a pas éte possible de la faire par race ou par type d'engagement de l'éleveur.

 

Une génisse sur deux reclassée par rapport aux index classiques

 

« Au cours de l'expérimentation, on a demandeaux éleveurs de classer les génisses génotypées pour le renouvellement et ce, uniquement al'oeil. Le même travail a éte réalisepar les techniciens. Globalement, les éleveurs classent 79 % des animaux dans les catégories de bonnes a très bonnes, 61 % dans les moyennes et le reste dans les catégories mauvaises atrès mauvaises. Côté technicien, on retrouve environ la même proportion de génisses bonnes à très bonnes. Par contre, il y a davantage d'animaux classés dans les extrêmes (très bonnes ou très mauvaises). Un regard extérieur permet de mieux différencier les génisses. Le tri des éleveurs s'effectue principalement a partir du poids au sevrage des animaux. Le caractère etant un facteur eliminatoire. Les techniciens trient sur le poids et le développement squelettique. Le développement musculaire élimine les plus mauvaises », explique Olivier Leudet.

Un second tri a été réalisé par les techniciens, à qui l'on a fourni en plus l'indexation classique Iboval, puis un troisième à l'aide des données génomiques. Comparé au tri visuel, le tri sur index classiques a permis de reclasser une génisse sur deux. De la même manière, l'utilisation des index génomiques reclasse une genisse sur deux par rapport aux index classiques. « L'éclatement des index est plus important avec la génomique, particulièrement sur l'aptitude au vêlage, la croissance et le développement squelettique. Les génisses étant plus différenciées sur leurs valeurs génétiques, le tri devient plus facile. Ainsi, la génomique sécurise le renouvellement, notamment sur les qualités maternelles », poursuit Olivier Leudet.

 

Trier les génisses jugées bonnes ou moyennes

 

Afin d'élaborer des recommandations d'utilisation des tests génomiques pour le tri des génisses de renouvellement, « on a réalisé des simulations économiques pour un système naisseur de 100 vêlages, avec un taux de renouvellement de 26 % et de 31 %. Ceci a nécessité de simuler le progrès génétique à dix ans. On a regardé le gain potentiel sur la mortalité (meilleur IFNaiss) avec un bonus sur l'IVV (moins de velages difficiles, donc un IVV qui a tendance à diminuer) et sur la complémentation des broutards (amélioration du potentiel laitier des mères, donc diminution du nombre de jours de complémentation des broutards) sans toucher au poids et à l'ingestion », explique Vincent Poupin, de Bovins croissance Sèvres Vendée conseils.

Avec un taux de renouvellement de 26 % et 100 vêlages, l'éleveur devra choisir 28 génisses pour le renouvellement, sur 46 femelles nées. « Or, quand on demande à l'éleveur de trier à l'oeil, les génisses qualifiées de meilleures sur le plan morphologique sont toujours conservées pour le renouvellement. Celles qualifiées de mauvaises sont, quant à elles, automatiquement éliminées et ce, dans les deux cas, sans tenir compte des objectifs de l'éleveur ni du niveau génétique des animaux en indexation classique ou génomique. Il n'est donc pas nécessaire de realiser des tests sur ces animaux là, mais sur ceux qualifiés de moyens ou bons. Pour notre simulation, cela represente 37 animaux à tester. Ainsi, dans notre exemple, l'usage des tests permet une accélération du progrès génétique de 7 % par rapport à un tri habituel. Au bout de douze ans, 34 % du troupeau est constitué de génisses améliorées sélectionnées avec la génomique. »


La génomique ouvre des perspectives pour de nouveaux caractères

Avec un taux de renouvellement de 31 %, le progres génétique est inférieur à 2 %. Plus le taux de renouvellement augmente, plus la pression de sélection baisse et moins les tests génomiques pour trier les génisses sont utiles. « Par contre, ils restent pertinents pour optimiser les accouplements (en cumulatif ou en correctif). De plus, ils permettent de détecter des gènes particuliers : gènes d'intérêts (sans corne, culard...) et les anomalies génétiques (ataxie, axonopathie, epilepsie, palais fendu, tourneur...).

La génomique reste une technique nouvelle. Elle ouvre de nombreuses possibilités : plus de caractères, des estimations plus précises et plus précoces. Elle est encore en plein developpement, avec des perspectives pour de nouveaux caractères. Les modèles d'évaluation se spécialisent, permettant des gains de précision. La connaissance des valeurs genetiques de maniere anticipee dans la vie de l'animal, notamment sur les qualités maternelles, va changer les moyens de sélection des éleveurs. C'est la massification qui va faire avancer la génomique », conclut Vincent Poupin.

 

(1) Partenaires du projet : Bovins croissance, Apis Diffusion, Evolution, Blonde d'Aquitaine, Charolais France, France Limousin selection, Parthenaise, Rouge des pres, Institut de l'elevage, avec le soutien financier de la region Pays de la Loire.

Genotyper les taureaux de monte naturelle, un reflexe essentiel

« Il existe un vrai 'plus' a faire génotyper les taureaux. En élevage allaitant, une vache produit en moyenne trois à quatre veaux dans sa carrière, alors qu'un taureau donne en moyenne cinquante descendants sur un élevage. L'investissement dans le test génomique est limité : il représente deux à trois euros par descendant. Génotyper les taureaux de monte naturelle est donc indispensable », insiste Vincent Poupin, de Bovins Croissance Sevres Vendee conseils.

Un même prélèvement permet de disposer rapidement d'une évaluation génétique complète, et donc d'avoir des données sur les qualités maternelles (aptitude au vêlage et potentiel laitier) du mâle reproducteur. Disposer d'informations génétiques complètes avant la mise à la saillie du taureau permet de raisonner son utilisation dans le troupeau. La génomique indique si le taureau est porteur de gènes d'intérêts ou d'anomalies qu'il pourrait transmettre à sa descendance. Elle permet d'obtenir l'identification ADN obligatoire lorsqu'un élevage adhère à la certification de parenté bovine et éventuellement la vérification de compatibilité génétique.

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